금당(金堂)터에는 전면 6줄, 측면 5줄의 초석이 아직 남아 있는 것으로 보아 20여 칸 크기의 대법당이 있었던 것을 알 수 있다. 금당터를 중심으로 하여 중앙에는 높이 약 2m의 불좌대(佛坐臺)가 있으며, 금당터 앞에는 보물 제750호로 지정된 3층석탑이 있다. 탑 옆에 있던 배례석(拜禮石)은 135cm ×85cm의 크기에 전면과 측면에는 안상(眼象)을, 상부에는 연꽃무늬를 조각하였다. 3층석탑 북쪽 50m 지점에는 보물 제78호로 지정된 거돈사 원공국사승묘탑비(圓空國師勝妙塔碑)가 있다. 이 탑비는 1025년에 건립된 것으로 비문은 최충(崔沖)이 짓고 글씨는 김거웅(金巨雄)이 썼다. 또 보물 제190호로 지정된 원공국사승묘탑은 고려시대 부도(浮屠)의 정형으로서 현재는 경복궁에 보존되어 있다. 불좌대의 대석(臺石) 주위에는 원래의 위치로 보이는 주춧돌들이 비교적 정연하게 제자리에 남아 있다. 기단(基壇)은 대부분의 지대석과 면석이 남아 있어, 나말 여초(羅末麗初)의 사찰로는 매우 희귀하게 유존 상태가 좋다. 이 절의 폐사시기는 알려져 있지 않다.